- Asociación Misionera de Hoteles, Bares, Restaurantes y Afines (AMHBRA)
- Cámara de Empresarios Misioneros de Autotransporte de Cargas (CEMAC)
- Cámara de Molineros de Yerba Mate de la Zona Productora (CMYMZP)
- Asociación de Productores Industriales Comerciantes Forestales de Misiones y Norte de Corrientes (APICOFOM)
- Cámara de Comercio Exterior de Misiones (CACEXMI)
- Cámara de Estaciones de Servicio y Afines del Noroeste (CESANE)
- Asociación Misionera de Agencias de Turismo (AMAT)
- Cámara Regional de Industria y Comercio de Leandro N. Alem (CRICA)
- Cámara Regional de Industria, Producción y Comercio de Oberá (CRIPCO)
- Cámara de Producción, Industria y Comercio de Apóstoles y Alto Uruguay
- Cámara de Comercio, Industria y Turismo de Montecarlo
- Asociación Plantadores de Tabaco de Misiones (APTM)
- Asociación de Concesionarios de Automotores de R.A. Regional Posadas (ACARA)
- Cámara Misionera de Empresas Constructoras y Afines (CAMECA)
- Cámara de Comercio, Industria, Producción y Servicios de Campo Grande
- Cámara de Comercio, Industria, Turismo, Producción y Servicios de Libertador General San Martín, Puerto Rico
- Cámara de Comercio e Industria de Eldorado (CACIEL)
- Cámara de Comercio, Industria y Turismo de San Vicente
- Cámara de Comercio, Industria y Actividades Afines de Gobernador Virasoro
- Asociación Misionera Circuitos Cerrados de Televisión (AMCCTV)
- Cámara de Comercio e Industria y Afines de San Antonio
- Cámara de Industria, Comercio, Producción y Turismo de Jardín América y Zona de Influencia
- Cámara Metropolitana de Turismo, Comercio y Servicios de Misiones
- Cámara de Producción, Industria, Comercio y Servicios de Comandante Andrés Guacurarí
- Cámara Regional de Comercio de San Pedro
- Cámara de Comercio, Industria, Turismo, Servicios y Producción de Bernardo de Irigoyen
- Cámara de Comercio, Industria, Comercio Exterior y Afines de Puerto Iguazú
- Asociación Maderera Aserradero y Afines del Alto Paraná (AMAYADAP)
- Cámara de Ópticas de la Provincia de Misiones
- Cámara de Elaboradores de Té Argentino
- Cámara Misionera de Industriales Metalúrgicos
- Sociedad Rural de Ovinos, Caprinos, Porcinos y Equinos
- Asociación Civil Empresarios Unidos Transporte Automotor (E.U.T.A.)
- Cooperativa Citrícola Agroindustrial de Misiones Ltda (CCAM)
- Asociación Plantadores de Tabaco de Misiones
- Asociación Misionera de Marketing (AMMK)
La CEM está adherida a las entidades nacionales:
Confederación Argentina de la Mediana Empresa (CAME)
Cámara Argentina de Comercio y Servicios (CACyS)
